关于婚内财产归属协议，小三的孩子同样有继承权。根据《中华人民共和国民法典》相关规定，非婚生子女与婚生子女享有同等权利，可以继承父母遗产中属于出轨方的部分。为了确保孩子合法权益不受影响，建议及时咨询专业律师进行处理。
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婚内财产协议中的继承问题，小三的孩子可通过法定继承或遗嘱继承来主张权利。具体选择哪种方式需结合实际情况，包括被继承人是否有遗嘱、其他法定继承人的情况等因素。为确保孩子权益得到充分保障，建议咨询专业律师获取法律建议。
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关于婚内财产归属协议下小三的孩子是否能继承的问题，处理方式如下：

1. 若父亲已去世且未留遗嘱，非婚生子女与婚生子女一样平等参与法定继承；
2. 若父亲健在，可通过立遗嘱的方式明确遗产分配，但需注意遗嘱的合法性和有效性，以规避潜在纠纷；
3. 如有争议，可通过诉讼途径解决，法院将依法作出判决。

建议在这种情况下咨询专业律师，获取更具体的法律指导。