公司因员工辞职扣工资是不合法的。《劳动合同法》明确规定，雇主必须按时足额支付工资，不能随意扣减。如果因为员工的某些行为导致公司损失，扣除工资也要遵循相关规定，不得超过月工资的20%，并且不能低于当地最低工资标准。面对这种情况，劳动者应该迅速行动，可以通过申请支付令来维权。
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公司扣除辞职员工的工资时，员工可以采取多种方式处理。首先可以尝试与用人单位进行协商，要求支付应得的工资；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉，寻求公权力的介入；如果问题仍然不能得到解决，劳动者可以依法向法院提起诉讼，坚决维护自己的权益。
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公司无权在员工辞职时扣减工资，因为这是不合法的。处理方式包括：首先与用人单位进行协商，要求支付全部工资；如果协商无果，可以向劳动监察部门寻求帮助，让政府介入处理；如果协商和投诉都没有效果，劳动者可以果断向法院申请支付令或提起诉讼，除了要求支付被扣工资外，还可以要求可能的赔偿。