公司要求赔偿3个月效期药品可能违法。依据《劳动合同法》，用人单位不得随意解除合同，违法解除需支付两倍赔偿金，而非药品赔偿。不及时处理可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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药店员工辞职赔偿应依法处理。具体操作：1.与用人单位沟通，明确赔偿要求是否合法；2.若不合法，拒绝赔偿并保留证据；3.申请劳动仲裁或调解，维护自身权益；4.如需，可寻求法律援助或提起诉讼。
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处理此类问题，常见方式有协商、调解、仲裁和诉讼。应先尝试与用人单位协商，协商不成可申请调解或提起劳动仲裁，仍不满意则可诉诸法院。选择方式需考虑效率与成本。