法务部起诉将上报居委会并扣取违约金，应首先尝试与居委会协商。依据《合同法》相关规定，若违约金确实过高，可请求法院适当调整。未及时协商处理，可能导致违约金持续累积，增加经济负担。
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处理此类问题，常见方式有协商、调解、仲裁及诉讼。建议先尝试与居委会协商，协商不成可考虑调解或仲裁，仍无法解决再提起诉讼。选择方式时需考虑效率与成本。
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应您的咨询，处理方式如下：1. 协商：首先与居委会沟通，表达诉求，尝试达成和解。2. 调解：若协商无果，可寻求第三方调解机构介入。3. 仲裁诉讼：若调解不成，根据合同约定或法律规定，选择仲裁或向法院提起诉讼，以维护自身权益。