农村自建房办理房产证后，城市商品房购买不算第二套住房。详细分析：根据我国相关法律规定，房地产调控政策中所提及的“一套”、“二套”等概念均针对的是国有土地上的商品房。农村宅基地自建住宅并不属于这个范畴，且其办理不动产权证时，暂不征收契税，也不会被计入家庭住房总套次之内。因此，在农村拥有自建房并办理房产证后，再在城市购买商品房，并不被视为购买第二套住房。提醒：如果在购房过程中遇到银行或房地产开发商将农村自建房计入套数次数，导致贷款利率或购房资格受影响，表明问题比较严重，应及时寻求专业人士的进一步解决。
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处理方式分析：从法律角度来看，处理这一问题主要有以下几种方式：一是了解相关法律法规，明确农村自建房与城市商品房在购房政策上的区别；二是咨询专业律师或房地产顾问，获取针对个人情况的准确解答；三是保留好农村自建房的相关证件，以便在需要时提供证明。选择不同处理方式：对于一般购房者而言，建议首先通过官方渠道了解相关法律法规，然后咨询专业律师或房地产顾问，以确保自己的权益不受损害。如果情况复杂或涉及争议，可以考虑寻求法律援助或提起诉讼。
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不同情况下处理方式的具体操作：1.在明确购房政策上：购房者应详细阅读国家及地方关于购房政策的相关法律法规，特别是关于农村自建房与城市商品房在购房套数认定上的区别。2.在咨询专业人士上：购房者可以联系专业律师或房地产顾问，提供自己的具体情况（如农村自建房是否办理房产证、城市购房资格等），并获取针对个人情况的准确解答。3.在保留相关证件上：购房者应妥善保管农村自建房的相关证件（如土地使用权证、房产证等），以便在需要时提供证明。如果因证件遗失或损坏导致无法证明农村自建房的合法性，可能会影响购房资格的认定。4.在争议解决上：如果购房者在购房过程中遇到争议或纠纷，可以寻求法律援助或提起诉讼。在此过程中，购房者应保留好相关证据（如购房合同、付款凭证等），以便在争议解决过程中维护自己的合法权益。